Klar, sicherlich kannst Du auch mit Ebenenarbeiten, nur die ausgeschnittene Ebene kannst Du später dann nicht mehr verändern.
Wenn Du natürlich nur ein Auge, oder etwas anderes Kleines ausschneidest, so spielt es keine wesentliche Rolle, aber wenn Du mit dem Werkzeug Deiner Wahl (Lasso, Pfadwerkzeug, etc.) eine komplizierte Form gewählt hast, für die Du 1 Stunde und mehr gebraucht hast, oder Haare eines Menschen und musst, weil Du noch mehr hinzu nehmen möchtest von vorne anfangen, oder siehst einen Fehler nachträglich beim ausschneiden, dann sparst Du Dir unendlich viel Zeit, indem Du bei der Maske einfach nur dieses kleine oder erweiterte Stück wählst.
Im Hobbybereich kann man es gespalten sehen, aber wenn man Auftragsarbeiten ausführt und der Kunde hat jeden Tag einen neuen Wunsch, oder ändert plötzlich seine Meinung, bist du heilfroh über jede Minute, die Du schneller bist.
Nein, weder zum Schluß, noch irgendwann im Arbeitsprozess werden die Ebenen zusammengefügt, da man nach dem Speichern ...und dem Öffnen der Datei am folgenden Tag nie wieder dorthin kommt.
Ich speichere immer als PSD und wenn ich fertig bin entweder als TIFF, oder wenn der Kunde es wünscht auch nur als JPEG.
Übrigens - hat man mehrere Ebenen und möchte hierauf einen Filter anwenden, so drückt mal folgende Tastenkombination (bei mehreren Ebenen)
Strg + Alt + E (ausgewählte Ebenen zusammenfügen) – Fügt alle ausgewählten Ebenen in eine neue Ebene zusammen. Fügt die Shift-Taste diesem Befehl hinzu und ihr werdet eine neue Ebene erstellen, die eine verbundene Darstellung aller sichtbaren Ebenen enthält (praktisch für Schärfeanpassungen).
Dieser Link dürfte für den ein oder anderen auch sehr hilfreich sein:
http://romanharcke.de/hilfreiche-nuetzliche-photoshop-shortcuts/
